Marjetica Koper upravlja in vzdržuje 11 kanalizacijskih sistemov, ki jih sestavlja več kot 280,079 m kanalizacijskih vodov in 25 črpališč, s katerimi lahko izvajamo gravitacijski način odvajanja odpadnih vod do čistilnih naprav.

V Mestni občini Koper in Občini Ankaran je na javno kanalizacijsko omrežje priključenih več kot dve tretjini občanov. Znotraj dejavnosti odvajanja in čiščenja komunalnih in padavinskih odpadnih voda, Marjetica Koper zagotavlja:

• vzdrževanje in čiščenje objektov javne kanalizacije,
• čiščenje komunalne odpadne vode ter tehnološke odpadne in padavinske vode, ki se odvaja v javno kanalizacijo, v skladu s predpisi o komunalnih čistilnih napravah,
• čiščenje peskolovov, lovilcev olj in maščob na javnih površinah,
• prevzem blata komunalnih čistilnih naprav ter obdelavo blata,
• prevzem in obdelavo gošč iz premičnih suhih stranišč,
• obratovalni monitoring za male komunalne čistilne naprave,
• praznjenje greznic,
• pregledi kanalizacij s TV kontrolnim sistemom,
• izvajanje preizkusov tesnosti kanalizacije.

Kanalizacijske sisteme ločimo glede na vrsto vode, ki jo odvajamo, na mešan in ločen kanalizacijski sistem. Če odvajamo po kanalizacijskem sistemu odpadno vodo in padavinsko vodo skupaj, govorimo o mešanem sistemu, če pa odvajamo v en kanalizacijski sistem padavinsko vodo, v drug sistem pa odpadno vodo, govorimo o ločenem sistemu.

Kanalizacijski sistem ima, glede na ostalo komunalno infrastrukturo, veliko več specifičnih objektov. K objektom kanalizacijskih sistemom prištevamo: jaške, cestne požiralnike, združitvene objekte, kaskade, podvode (sifone), razbremenilnike, zadrževalne bazene deževnih vod, črpališča.
Vsi objekti, razen hišnih priključkov in ponikalnic padavinskih vod s streh, ki so v zasebnem lastništvu, so javnega značaja in za njihovo obratovanje in vzdrževanje skrbi Komunala Koper.

Kanalizacijski sistemi z zaključkom s čistilno napravo
Primarna in sekundarna kanalizacijska omrežja = 234,742 m
Mešana kanalizacijska omrežja = 45,337 m