Nadzorni svet Marjetice Koper sestavlja pet članov. Tri imenuje ustanoviteljica, Mestna občina Koper, dva pa sta imenovana iz vrst zaposlenih.
Predstavniki ustanovitelja:
Boštjan Aver, predsednik nadzornega sveta
Peter Bolčič, član nadzornega sveta
Vlado Krivec, član nadzornega sveta
Predstavniki zaposlenih:
Simon De Faveri, član nadzornega sveta
Marko Štrkalj, član nadzornega sveta