Nadzorni svet Marjetice Koper sestavlja pet članov. Tri imenuje ustanoviteljica, Mestna občina Koper, dva pa sta imenovana iz vrst zaposlenih.

Predstavniki ustanovitelja:

Vojko Rotar, predsednik nadzornega sveta

Tomaž Slavec, član nadzornega sveta

Predstavniki zaposlenih:

Simon De Faveri, član nadzornega sveta

Marko Štrkalj, član nadzornega sveta